COTAN (COexpression Tables ANalysis) là một phương pháp thống kê và tính toán mạnh mẽ được thiết kế để phân tích sự đồng biểu hiện của các cặp gene ở cấp độ tế bào đơn. Nó cung cấp nền tảng vững chắc cho việc nghiên cứu tương tác gene trong tế bào đơn.
Phương pháp cốt lõi của COTAN tập trung vào việc nghiên cứu phân phối của các giá trị đếm UMI (Unique Molecular Identifier) bằng không thay vì chỉ tập trung vào các giá trị dương. Điều này được thực hiện thông qua một khung bảng dự phòng tổng quát.
COTAN có khả năng đánh giá hiệu quả sự tương quan hoặc tương phản trong biểu hiện của các cặp gene. Nó cung cấp một chỉ số số liên quan đến mức độ tương quan và một giá trị p xấp xỉ cho kiểm định tính độc lập liên quan. Điều này cho phép xác định các cặp gene có biểu hiện tương quan chặt chẽ, mở ra cơ hội khám phá các con đường và mạng lưới điều hòa gene.
COTAN cũng hỗ trợ đánh giá sự khác biệt trong biểu hiện của từng gene riêng lẻ, bằng cách sử dụng một chỉ số phân biệt toàn cầu mới được định nghĩa. Điều này rất hữu ích để xác định các gene có vai trò quan trọng trong việc xác định trạng thái và chức năng của tế bào.
Hơn nữa, COTAN cung cấp các công cụ để vẽ đồ thị và phân cụm các gene dựa trên mô hình đồng biểu hiện của chúng với các gene khác. Điều này giúp nghiên cứu tương tác gene hiệu quả hơn và trở thành một công cụ mới để xác định các gene đánh dấu đặc trưng cho tế bào. Từ đó, chúng ta có thể hiểu rõ hơn về cơ chế điều hòa gene và sự khác biệt giữa các loại tế bào.
COTAN là một công cụ quan trọng cho các nhà nghiên cứu trong lĩnh vực sinh học tế bào đơn, đặc biệt là những người quan tâm đến việc khám phá các mạng lưới điều hòa gene và xác định các gene quan trọng trong việc xác định trạng thái tế bào. Với khả năng phân tích dữ liệu biểu hiện gene một cách toàn diện và cung cấp các chỉ số có ý nghĩa thống kê, COTAN mở ra những hướng đi mới trong việc hiểu về sự phức tạp của tế bào sống.
Để cài đặt gói COTAN, hãy khởi động R (phiên bản “4.5” trở lên) và nhập lệnh sau:
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("COTAN")Để xem tài liệu hướng dẫn chi tiết và các ví dụ sử dụng, hãy nhập lệnh sau trong R:
browseVignettes("COTAN")
