Trong giai đoạn 1961-1965, sau thất bại của chiến lược “chiến tranh đơn phương”, Mĩ chuyển sang chiến lược “chiến tranh đặc biệt” ở miền Nam Việt Nam. Bản chất của chiến lược này là sử dụng quân đội tay sai người Việt, dưới sự chỉ huy và cố vấn của Mĩ, trang bị vũ khí, kỹ thuật, và phương tiện chiến tranh hiện đại của Mĩ để chống lại lực lượng cách mạng và nhân dân miền Nam. Mục tiêu chính là “dùng người Việt đánh người Việt,” một âm mưu thâm độc nhằm duy trì sự hiện diện và ảnh hưởng của Mĩ tại khu vực.
Ban đầu, Mĩ triển khai kế hoạch Staley-Taylor với hy vọng bình định miền Nam trong vòng 18 tháng. Tuy nhiên, do sự kháng cự mạnh mẽ của quân và dân miền Nam, kế hoạch này thất bại. Sau đó, Mĩ tiếp tục đưa ra kế hoạch Giôn-xơn – Mác-na-ma-ra, giảm mục tiêu xuống bình định miền Nam có trọng điểm trong vòng 2 năm (1964-1965).
Để thực hiện chiến lược “chiến tranh đặc biệt”, Mĩ đã có những hành động cụ thể sau:
- Tăng cường viện trợ quân sự: Mĩ liên tục tăng cường viện trợ quân sự cho chính quyền Ngô Đình Diệm.
- Đưa cố vấn quân sự vào miền Nam: Số lượng cố vấn quân sự Mĩ tăng lên nhanh chóng, từ 1.100 người (cuối năm 1960) lên đến 26.000 người (cuối năm 1964).
- Thành lập Bộ chỉ huy quân sự Mĩ: Ngày 8/2/1962, Bộ chỉ huy quân sự Mĩ được thành lập tại Sài Gòn, thể hiện sự can thiệp sâu sắc của Mĩ vào các hoạt động quân sự tại miền Nam.
- Tăng quân số ngụy: Chính quyền Ngụy ra sức bắt lính để tăng quân số, từ 170.000 quân (giữa năm 1961) lên đến 560.000 quân (cuối năm 1964).
Quân đội Sài Gòn được trang bị vũ khí và phương tiện chiến tranh hiện đại, đặc biệt là việc sử dụng chiến thuật “trực thăng vận” và “thiết xa vận,” nhằm tăng cường khả năng cơ động và tấn công.
Một trong những biện pháp trọng tâm của “chiến tranh đặc biệt” là việc xây dựng “ấp chiến lược”. Mĩ và chính quyền Ngụy coi “ấp chiến lược” là “xương sống” của chiến lược này, với mục tiêu dồn dân, cô lập lực lượng cách mạng khỏi quần chúng, “tát nước bắt cá”, tiến tới kiểm soát và “bình định” miền Nam.
Dưới sự chỉ huy và hỗ trợ của cố vấn Mĩ, quân đội Ngụy liên tiếp mở các cuộc hành quân càn quét nhằm tiêu diệt lực lượng cách mạng. Đồng thời, chúng tiến hành các hoạt động phá hoại miền Bắc, kiểm soát, phong tỏa biên giới và vùng biển nhằm ngăn chặn sự chi viện từ miền Bắc cho miền Nam.
Tuy nhiên, quân và dân miền Nam đã kiên cường chiến đấu, từng bước đánh bại các kế hoạch của Mĩ. Ngày 20/12/1960, Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam ra đời, đánh dấu bước ngoặt quan trọng trong cuộc kháng chiến chống Mĩ. Tháng 1/1961, Trung ương Cục miền Nam được thành lập, thay cho Xứ ủy Nam bộ cũ. Ngày 15/2/1961, các lực lượng vũ trang cách mạng thống nhất thành Quân Giải phóng miền Nam Việt Nam.
Trên mặt trận chính trị, các cuộc biểu tình, đấu tranh của quần chúng nhân dân diễn ra liên tục, đặc biệt là phong trào Phật giáo năm 1963, với đỉnh cao là sự kiện Hòa thượng Thích Quảng Đức tự thiêu để phản đối chính quyền Ngô Đình Diệm đàn áp Phật giáo.
Trên mặt trận quân sự, quân và dân miền Nam đã giành được nhiều thắng lợi quan trọng, như chiến thắng Ấp Bắc (tháng 1/1963), chứng minh khả năng đánh bại chiến lược “chiến tranh đặc biệt” của Mĩ. Các chiến dịch Đông Xuân 1964-1965, với những chiến thắng Bình Giã, An Lão, Ba Gia, Đồng Xoài, đã đánh dấu sự phá sản của kế hoạch Giôn-xơn – Mác-na-ma-ra.
Sự thất bại của hai kế hoạch Staley-Taylor và Giôn-xơn – Mác-na-ma-ra đã làm phá sản hoàn toàn chiến lược “chiến tranh đặc biệt” của Mĩ ở miền Nam Việt Nam, buộc Mĩ phải chuyển sang chiến lược chiến tranh khác.
